El núcleo del XII, esta en línea con la columna gris anterior de la medula espinal. Tienes 2cm y su parte rostral corresponde al triangulo del hipogloso situado en el suelo del IV ventrículo, prolongándose su parte caudal en la parte cerrada del bulbo raquídeo, donde es ventral y paramedial en la sustancia gris central.

El núcleo está organizado en dos filas nucleares:

- Ventromedial, actúa sobre el musculo protusor de la lengua (Geniogloso).

- Dorsolateral, actúa sobre los músculos retrusores de la lengua.  

El núcleo del hiogloso recibe fibras corticonucleares de la circunvolución frontal ascendente (pre-frontal) y zonas aledañas, principalmente del hemisferio contralateral.

Sus fibras emergen por el surco pre-olivar, entre la pirámide y la oliva bulbar.